example.mk

An example makefile:

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#   Example makefile for the program PB3D (Peeling Ballooning in 3D)
#   \author Author: Toon Weyens
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#   Don't forget to set the directories:
#       - LIBSTELL_DIR
#       - HDF5_DIR
#       - NETCDFF_DIR (note: Fortran library)
#       - PETSC_DIR
#       - SLEPC_DIR
#       - STRUMPACK_DIR
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#   Include
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## [PETSc and SLEPc trick]
include  $(PETSC_DIR)/lib/petsc/conf/variables
include  $(SLEPC_DIR)/lib/slepc/conf/slepc_variables
## [PETSc and SLEPc trick]
 
## [PETSc and SLEPc trick inc]
INCLUDE = $(PETSC_FC_INCLUDES) $(SLEPC_INCLUDE)
## [PETSc and SLEPc trick inc]
## [Libstell special]
INCLUDE += -I$(LIBSTELL_DIR)/libstell_dir
## [Libstell special]
INCLUDE += -I$(STRUMPACK_DIR)/include
## [PB3D include]
INCLUDE += -I$(PB3D_DIR)/include
## [PB3D include]
INCLUDE += -I/usr/include/hdf5/openmpi
 
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#   Link
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## [PB3D libraries]
LIB_INTERNAL = libdfftpack.a libfoul.a libbspline.a
## [PB3D libraries]
 
LINK := $(LIB_INTERNAL)
 
## [PETSc and SLEPc trick lib]
LINK += $(PETSC_LIB)
LINK += $(SLEPC_LIB)
## [PETSc and SLEPc trick lib]
LINK += $(LIBSTELL_DIR)/libstell.a
LINK += -L$(STRUMPACK_DIR)/lib -lstrumpack
LINK += -L$(HDF5_DIR) -lhdf5_fortran -lhdf5
LINK += -L$(NETCDFF_DIR)/lib -lnetcdff
LINK += -Wl,-R$(NETCDFF_DIR)/lib
LINK += -lscalapack -lblacs -lblas -lm
LINK += -lstdc++ -lmpi_cxx
 
 
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#   Compiler
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COMPILER=mpifort
 
 
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#   Linker
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LINKER=mpifort
 
 
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#   Compiler flags
#   options (used with -D[name]):
#       ldebug: debug
#       lIB: infiniband
#       lwith_gnu: use GNU compiler [default]
#       lwith_intel: use INTEL compiler, (checked for version 12.0.2)
#   note: INTEL warning 6536 is suppressed, which informs about extra "USE".
#   note: INTEL warning 6843 is suppressed, which informs about empty
#       intent(out) variables
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COMP_FLAGS = -finit-real=snan -g -Og -Wall -Wextra -pedantic \
    -fimplicit-none -fbacktrace -fno-omit-frame-pointer \
    -fcheck=all -cpp -Dldebug# debug, profiling with gprof2dot, GCC
#COMP_FLAGS = -O3 -fbacktrace -g -fimplicit-none -fno-omit-frame-pointer \
    #-cpp# optimized, GCC
 
#COMP_FLAGS = -O0 -DlIB -Dldebug -g -heap-arrays 100 -recursive \
    #-ftrapuv -check bounds -check uninit -traceback -implicitnone \
    #-fno-omit-frame-pointer -cpp -Dlwith_intel -diag-disable 6536 \
    #-diag-disable 6843# debug, profiling with gprof2dot, INTEL
#COMP_FLAGS = -O3 -DlIB -traceback -g -heap-arrays 100 -recursive \
    #-implicitnone -fno-omit-frame-pointer -cpp -Dlwith_intel \
    #-diag-disable 6536 -diag-disable 6843# optimized, INTEL
 
COMP_FLAGS_EX= -O2 -w
 
COMP_FLAGS_F= -O2 -funroll-loops -fexpensive-optimizations
 
 
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#   Link flags
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LINK_FLAGS = -fPIC -finit-real=snan# debug
#LINK_FLAGS = -fPIC# optimized
 
 
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#   Prepare
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# Add "Modules" and "Libraries" to the search path for the prerequisites
VPATH = Modules:Libraries
 
# Contains list of source files (.o) and dependencies
DEPLIST = PB3D.dep
OBJLIST = ObjectList# defines "ObjectFiles"
 
# Includes source files and dependency list
include $(DEPLIST)# Dependencies of all the objects
include $(OBJLIST)# Names of all the objects
 
 
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#   Rules
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all:    PB3D POST
 
PB3D:   $(ObjectFiles) $(LIB_INTERNAL) PB3D.o
    $(LINKER) -o $@ $(ObjectFiles) PB3D.o $(LINK) $(LINK_FLAGS)
 
POST:   $(ObjectFiles) $(LIB_INTERNAL) POST.o
    $(LINKER) -o $@ $(ObjectFiles) POST.o $(LINK) $(LINK_FLAGS)
 
libdfftpack.a:  dfft.o
    ar -rcs libdfftpack.a dfft.o
 
libfoul.a:  foul.o
    ar -rcs libfoul.a foul.o
 
libbspline.a:   bspline_sub_module.o
    ar -rcs libbspline.a bspline_sub_module.o
 
%.o: %.f90
    $(COMPILER) $(INCLUDE) $(COMP_FLAGS) -c $<
 
%.o: %.f
    $(COMPILER) $(COMP_FLAGS_F) -c $<
 
dfft.o: dfft.f
    $(COMPILER) $(COMP_FLAGS_EX) -c $<
 
foul.o: foul.f90
    $(COMPILER) $(COMP_FLAGS_EX) -c $<
 
bspline_sub_module.o: bspline_sub_module.f90
    $(COMPILER) $(COMP_FLAGS_EX) -c $<
 
clean:
    @rm -f *.o *.a *.mod *~ fort.* 
 
clean_all:
    @rm -f *.o *.mod *~ fort.* PB3D POST